Constitué de vingt-six membres, sollicités pour leurs compétences dans les sciences de la vie, de la terre, humaines et sociales, c'est une instance consultative chargée d'assister le conseil d'administration et la direction de l'établissement pour toutes les questions relatives à la connaissance, la conservation, la gestion, l'aménagement et la mise en valeur des patrimoines naturel, culturel et paysager du parc national. La nouvelle loi de 2006 sur les parcs nationaux a renforcé son rôle et son avis est obligatoire pour tous les travaux concernant le coeur du Parc national.
Il est actuellement présidé par M. Jean-Paul METAILIE, ancien directeur de recherche au CNRS et directeur de recherche du laboratoire de recherche GEODE à l'Université de Toulouse.
