Dès le Néolithique, la présence humaine est avérée dans les Pyrénées. Les études des pollens et charbons conservés dans les sols et les tourbières permettent d'identifier une colonisation importante par des troupeaux au dernier millénaire avant notre ère.

Dès l'époque gauloise, puis après gallo-romaine, la structuration de la montagne telle que nous la connaissons aujourd'hui est réalisée : les estives en altitude occupées de façon saisonnière, les villages en fond de vallées, et un espace de transition entre les deux, partagé entre forêts et prairies.

Ce schéma s'est maintenu au fil du temps, jusqu'à la fin du XIXème siècle où le système agro-pastoral a connu son développement le plus important.

De façon générale, l'agriculture a connu de profondes mutations au cours du XXème siècle : exode rural, mécanisation, apports de la chimie (fertilisants, produits phytopharmaceutiques,...). Ainsi, depuis un peu plus d'un siècle, la population agricole décroît progressivement.

En 2009, le territoire du Parc national des Pyrénées comprenait environ 1 000 exploitations agricoles, principalement orientées vers l'élevage ovin et bovin.

A l'été 2010, plus de 140 000 ovins et 42 000 bovins fréquentaient la zone coeur et la zone optimale d'adhésion du Parc national des Pyrénées, lui conférant le statut de parc national le plus pastoral de France.