Le soutien du Parc national à l'agro-pastoralisme a été varié au cours de son histoire, en fonction des besoins ou des initiatives locales.
Les estives ont bénéficié des premières actions de l'établissement.
Ainsi, le Parc national a construit de nombreuses cabanes pastorales dans les années 1980, en collaboration avec les propriétaires (communes et commissions syndicales). L'objectif était le maintien des hommes et des femmes en montagne, à une période où l'avenir du pastoralisme était incertain.
Ce travail s'est poursuivi avec de nouveaux partenaires commes les services pastoraux départementaux, créés depuis. Ainsi, le Parc national a accompagné la création d'ateliers fromagers aux normes européennes en estive ou le développement des énergies renouvelables dans les cabanes.
Aujourd'hui, en zone coeur, le Parc national :
- travaille sur l'assainissement écologique des cabanes et ateliers fromagers,
- accompagne le portage pour les bergers, opération indispensable pour apporter de quoi vivre en site isolé pendant plusieurs mois, ou redescendre les fromages en fin de saison (mules et hélicoptères),
- accompagne les gestionnaires d'estives dans la gestion quotidienne des estives : diagnostics pastoraux et écologiques, plan de gestion, appuis aux aménagements pastoraux tels que parcs de contention, clôtures ou débroussaillage,...
En zones intermédiaires, le Parc national :
- accompagne les exploitations agricoles dans la gestion des prairies de fauche, celles-ci présentant des enjeux écologiques remarquables : aide à l'acquisition de motofaucheuses ou de tracteurs de montagne permettant l'exploitation des parcelles les plus pentues ;
- contractualisation des mesures de gestion avec les agriculteurs volontaires : maintien de la fauche à pied, débroussaillage, maintien de la diversité floristique des prairies,... Ces mesures agro-environnementales reconnaissent leur travail et les rétribuent pour leurs actions en faveur de la biodiversité.
Afin de limiter l'emploi de produits chimiques, le Parc national des Pyrénées accompagne également des collectifs d'agriculteurs dans la lutte contre les campagnols terrestres. Ces micromammifères peuvent causer des dégâts importants dans les prairies, et la lutte classique se fait à l'aide d'un raticide, avec des impacts possibles sur la faune non-cible : renards, hermines, rapaces,... Le Parc national accompagne le recrutement estival de piégeurs, ainsi que la pose de nichoirs à chouette ou de perchoirs à rapace. En échange, aucun raticide n'est utilisé dans ces vallées.