Dès le Néolithique, la présence humaine est avérée dans les Pyrénées. Les études des pollens et charbons conservés dans les sols et les tourbières permettent d'identifier une colonisation importante par des troupeaux au dernier millénaire avant notre ère.
Dès l'époque gauloise, puis après gallo-romaine, la structuration de la montagne telle que nous la connaissons aujourd'hui est réalisée : les estives en altitude occupées de façon saisonnière, les villages en fond de vallées, et un espace de transition entre les deux, partagé entre forêts et prairies.
Ce schéma s'est maintenu au fil du temps, jusqu'à la fin du XIXème siècle où le système agro-pastoral a connu son développement le plus important.
De façon générale, l'agriculture a connu de profondes mutations au cours du XXème siècle : exode rural, mécanisation, apports de la chimie (fertilisants, produits phytopharmaceutiques,...). Ainsi, depuis un peu plus d'un siècle, la population agricole décroît progressivement.
En 2009, le territoire du Parc national des Pyrénées comprenait environ 1 000 exploitations agricoles, principalement orientées vers l'élevage ovin et bovin.
A l'été 2010, plus de 140 000 ovins et 42 000 bovins fréquentaient la zone coeur et la zone optimale d'adhésion du Parc national des Pyrénées, lui conférant le statut de parc national le plus pastoral de France.
Une structuration de l'espace
L'activité agricole de la montagne est fortement structurée, afin d'exploiter l'herbe au meilleur moment de sa croissance.
Les fonds de vallées
Ce sont les espaces relativement plats situés autour des villages. Le sol y est profond et permet le labour et les cultures de céréales. A proximité se trouve également les principaux bâtiments des fermes où les bêtes passent les mois d'hiver.
La zone intermédiaire
La zone intermédiaire doit son nom à sa situation, entre fonds de vallée et estives. C'est un espace complexe, composé de prairies et de boisements, parsemé de grandes foraines, de rigoles et de murets. Traditionnellement, c'est une étape sur la transhumance : les troupeaux y arrivent au printemps, pâturent les prairies et y laissent du fumier. L'été, les prairies sont fauchées et l'herbe stockée dans les granges. A l'automne, les troupeaux s'y arrêtent à nouveau, sur le chemin du retour à la ferme, pour pâturer la dernière pousse de l'année. Le foin stocké sur place complète la ration, et la grange permet d'abriter le troupeau et le berger.
Les estives
Au-dessus de la forêt commencent les estives, réservées au pâturage estival. Mélange de pelouses, de landes et de milieux rocheux, les estives montent généralement jusqu'aux sommets et aux crêtes. Elles peuvent être fertiles ou moins, disposées de cabanes ou pas, être très hautes en altitude ou juste au-dessus du village...
Les estives sont très ouvertes à l'extérieur : ainsi, environ la moitié des cheptels transhumants en Hautes-Pyrénées ne provient pas de la vallée : piémont, plaine départementale, mais aussi bassin méditerranéen ou landes de Gascogne, de nombreux troupeaux font des centaines de kilomètres pour passer l'été à la montagne.
Si la zone intermédiaire et les fonds de vallées appartiennent aux agriculteurs, les estives du Parc national des Pyrénées sont la propriété des communes et des commissions syndicales (regroupement de plusieurs communes). De nombreuses communes du parc national assurent elles-mêmes la gestion de leurs estives.