Le Président coordonne et anime les activités du conseil scientifique, du bureau et des séances plénières du conseil scientifique. Il assure le suivi des relations avec le Parc national des Pyrénées. A ce titre, il assiste aux réunions du conseil d'administration et aux réunions du bureau du conseil d'administration.

Il est assisté par trois vices-présidents qui constituent avec le président, le bureau du conseil scientifique. Les vices-présidents apportent un soutien au président du conseil scientifique pour le traitement des dossiers, préparer les travaux du conseil scientifique, suivre l'exécution des avis, réaliser les propositions et les recommandations du conseil scientifique. Les vices-présidents sont Gérard Balent, Gérard Caussimont et Jean Pierre Tihay.

Le conseil scientifique se réunit en séance plénière aussi souvent que nécessaire et en général trois fois par an. Les séances plénières représentent un moment privilégié d'échange et de réflexion de fond sur les grands sujets scientifiques, les avis, les problématiques de gestion du patrimoine naturel, paysager ou culturel du Parc national des Pyrénées ou encore présenter les résultats des inventaires, des suivis et des études réalisés sur le territoire du Parc national.

Les débats du conseil scientifique ne sont pas publics. Cependant, le bureau du conseil scientifique peut décider d'inviter des intervenants extérieurs en tant que de besoin.

Le conseil scientifique rend en moyenne une vingtaine d'avis par an.